</motto< Graeca sunt, non leguntur.

>>

/chapter</ii<Ohjelmistot>>

Ohjelmistoja tulee jatkuvasti lis{{ ja vanhoista ilmestyy
uusia versioita. Seuraavassa esitett{v{t ohjelmistot ja
niiden versionumerot vastaavat tilannetta maaliskuussa 1990.
Muutoksista ja uusista ohjelmistoista tiedotetaan mm.
TLP:n julkaisemassa SuperMenu-lehdess{.

/section</ii<Varusohjelmisto>>

Supertietokoneen /ii<k{ytt|j{rjestelm{>n{ on t{ll{ hetkell{ 
</sc/ii<unicos>>, versio 5.1, joka on Cray Researchin sovellus
AT/&T:n </sc unix> System V -k{ytt|/-j{r/-jes/-tel/-m{st{. 
</sc Unicos>issa on kuitenkin my|s joitakin </sc bsd-unix>
(Berkeley Software Distribution) laajennuksia. 

Eri </sc unix>-versioissa on pienehk|j{, tosin kiusallisia
keskin{isi{ eroja.  Erityisesti supertietokoneen </sc/ii<unicos>>, 
</sc/ii<finsun>>-palvelukoneen ja muiden Sun-ty|asemien
</sc/ii<bsd>>-pohjainen </sc unix> sek{ /ii<Iris>-ty|asemien 
/ii<System V> -pohjainen 
</sc unix> eroavat toisistaan jonkin verran. 
Erot selvinnev{t parhaiten kokeilemalla ja kunkin
</sc unix>-j{rjestelm{n omalla </tt man>-komennolla. 

Kiinti|innist{, laskutuksesta ja raportoinnista huolehtii Sun 3//60
-ty|/-ase/-mas/-sa toimiva </sc/ii<sybase>>-tietokantaohjelmisto.

K{yt|ss{ ovat seuraavat /ii<k{{nt{j{t>:

/settabs 5 /columns
/+&</tt cft77>   &vektoroiva </sc/ii<fortran77>>-k{{nt{j{ /cr
/+&</tt cf77>    &rinnakkaistavava </sc fortran77>-k{{nt{j{ /cr
/+&</tt pascal>  &vektoroiva </sc/ii<pascal>>-k{{nt{j{ /cr
/+&</tt cc>      &vektoroiva /ii<C>-k{{nt{j{ /cr


/section</ii<Supertietokoneen sovellusohjelmistot>>

Supertietokoneen sovellusohjelmistotarjonnan painopiste on
tieteellisteknisiss{ ja muissa sellaisissa ohjelmistoissa, jotka 
vaativat runsaasti tietokoneresursseja.

Ohjelmistotarjontaa t{ydent{v{t perinteisen
"luvunmurskausv{lineist|n" lis{ksi my|s symbolisen laskennan
ohjelmistot.

Seuraava luettelo sis{lt{{ keskeisimm{t Craylle asennetut
sovellusohjelmistot:
 
</leftskip1truecm 
Matematiikka:/nl
</sc imsl>, </sc nag>, </sc itpack>, </sc sparspak>, </sc reduce>
 
Kemia:/nl
</sc charm>m, </sc discover>, </sc gaussian>
 
Rakenteiden mekaniikka:/nl
</sc abaqus>, </sc adams>, </sc adina>, </sc msc//nastran>, </sc permas>
 
Virtausmekaniikka:/nl
</sc fidap>, </sc fluent>, </sc phoenics>
 
S{hk|tekniikka:/nl
</sc msc//magnum>, </sc hspice>
 
Simulointi:/nl
</sc acsl>, </sc simscript>

Optimointi:/nl
</sc lamps>, </sc minpack>
 
Grafiikka:/nl
</sc uniras>, </sc disspla>, </sc movie.byu>, </sc ncar>

> 
 

Supertietokoneohjelmistojen lis{ksi tarvitaan joukko
edustakoneohjelmistoja, jotka palvelevat supertietokoneen
k{ytt|{.  N{ist{ mainittakoon tietokonegrafiikkaan ja
tekniseen laskentaan liittyv{t esi- ja
j{lkik{sittelyohjelmistot. 


/section<Opmvaxin sovellusohjelmistot>

Opetusministeri|n VAX 8650 -tietokoneella on kaikkiaan noin 160 
ohjelmistopakettia.
Niist{ l|ytyy lyhyet kuvaukset Kari Keskisen </sc opmvax>-oppaasta.


/section</ii<Finsun-palvelukoneen sovellusohjelmistot>>

Supertietokoneen </sc unix>-edustakoneena toimivalle 
</sc finsun>-palvelukoneella Sun 4//260 on seuraavat
ohjelmat:

</leftskip1truecm 

        </sc fidap>, </sc patran>, </sc add>, </sc ncar>, 
        </sc movie.byu>, </sc idl>, 
        </sc matlab>, </sc macsyma>, 
        </sc imsl>, </sc nag>, /TeX

>


/section</ii<Ty|asemien ohjelmistot>>

TLP:n ty|asemille on asennettu seuraavat ohjelmistot:


Sun 3//60:  

</leftskip1truecm 

 </sc patran>, </sc fidap> (esi- ja j{lkik{sittely), </sc ideas>/nl
 </sc idl>, </sc matlab>

>

Iris 4D:

</leftskip1truecm 

    </sc patran>, </sc fidap> (esi- ja j{lkik{sittely), </sc ideas>/nl
    </sc charm>m</sc/&quanta>, </sc discover/&insight>,/nl
    </sc wavefront>, </sc mpgs>, /nl
    </sc matlab>, </sc mathematica>

>


/section<Lis{tiedot sovellusohjelmistoista>

Ohjelmistoista on tekeill{  erillinen opas.

 
Supertietokoneessa useimmista sovellusohjelmistoista (ei
kuitenkaan kaikista) saa lis{tietoja, ajo-ohjeita ja muuta
apua komennoilla </tt /ii<man></sl ohjelma>> tai </tt info </sl
ohjelma>>.  Ja komennolla </tt/ii<info>> saa niiden ohjelmien
nimet, jotka </tt info>-opastusj{rjestelm{ tuntee. 

Komennoilla </tt man </sl ohjelma>> tai </tt info </sl ohjelma>> saatava 
avustusteksti sijaitsee useimmiten hakemistossa </tt //usr//man//manlocal> 
olevassa </sl ohjelma>-nimisess{ tiedostossa.
Komennolla </tt ls //usr//man//manlocal> voi tutkia, mit{ tiedostoja 
mainitussa hakemistossa on.

</sc Unix>-palvelukoneessa </sc finsun> apua saa useimmiten
samoilla komennoilla kuin supertietokoneessa. 
</sc Opmvax>-palvelukoneessa tietoja saa puolestaan komennolla
</tt help @sovellusohjelmistot> ja sen alihakusanoilla my|s
suoraan jostain sovellusalueesta, esimerkiksi </tt help
kemia>, </tt help tekniikka>, jne. 
 
Alla on lyhyesti kuvattu supertietokoneymp{rist||n asennetut
sovellusohjelmistot.  Ne on ryhmitelty seuraaviin
aliryhmiin: grafiikan kirjastot ja ohjelmat, matemaattiset
aliohjelmakirjastot, symbolisen laskennan ohjelmat, kemian
ohjelmat, tekniikan ohjelmat ja muut ohjelmistot. 
Aliohjelmakirjastoihin on liitetty lyhyet ohjeet kirjastojen
rutiinien linkitt{miseksi, mutta sovellusohjelmistojen
k{ytt|{ ei neuvota t{ss{ oppaassa. 


/section</ii<Matematiikan ohjelmistot>>
 
/subsection<Supertietokoneen matemaattiset kirjastot>
 
T{ss{ k{sitell{{n seuraavia supertietokoneelle asennettuja
aliohjelmakirjastoja:
</sc imsl>, </sc nag>, </sc scilib//sciport>, 
</sc itpack>, </sc kahanerlib>, </sc minpack> ja </sc sparspak>.
 
</sc/ii<Imsl>> ja </sc/ii<nag>> ovat useimmille tuttuja numeriikan
laajoja yleiskirjastoja. 
 
</sc/ii<Scilib>> on Crayn numeerinen peruskirjasto.  Se on
kirjoitettu Crayn assemblerilla, </sc cal>illa, ja optimoitu
Craylle.  </sc Scilib>-kirjastoa voi siten verrata IBM:n
</sc essl>-kirjastoon. 
 
</sc/ii<Sciport>> on </sc scilib>in "portaabeli" versio, joka mahdollistaa
</sc scilib>-kutsuja sis{lt{v{n ohjelman testaamisen edustakoneella.
</sc Sciport> on asennettu </sc opmvax>ille ja </sc finsun>ille.
 
</sc/ii<Itpack>> koostuu Craylla itse asiassa kahdesta
kirjastosta (</sc/ii<itpackv 2c>> ja </sc/ii<nspcg>>).  Ne
sis{lt{v{t iteratiivisia yht{l|ryhmien ratkaisualiohjemia. 
 
</sc/ii<Kahaner>>-kirjasto on </sc/ii<blas>>-pohjainen
numeeristen menetelmien </sc fortran>-aliohjelmakirjasto. 
 
</sc/ii<Minpack>> on yleisesti saatavilla oleva
optimointialiohjelmien kirjasto. 
 
</sc/ii<Sparspak>> on suurien harvojen lineaaristen
yht{l|ryhmien ratkaisuun kehitetty aliohjelmakirjasto. 
 
Lis{ksi Crayn matemaattinen kirjasto </tt/ii<libm.a>> sis{lt{{ 
</sc fortran>ista kutsuttavat </tt intrinsic>-funktiot.
 
Joissakin supertietokoneen kirjastoissa on sek{
yksinkertaisen ett{ kaksoistarkkuuden rutiinit. 
J{lkimm{isi{ ei kuitenkaan useimmiten ole syyt{ k{ytt{{,
koska Crayn yksinkertainen tarkkuus vastaa muiden koneiden
kaksoistarkkuutta. 
 
Koska n{m{ kirjastot ovat l{hes kaikilla edustakoneilla, on
syyt{ tietysti ensin testata ohjelmansa edustakoneella ennen
Craylle l{hett{mist{.  Edustakoneille on asennettu
aliohjelmakirjastojen k{ytt|{ helpottavia interaktiivisia
help-ohjelmia, joiden avulla kirjastoja voi k{ytt{{ jopa
ilman manuaaleja (ainakin jotenkuten).  </sc Opmvax>ille ja
</sc finsun>ille on asennettu </sc/ii<naghelp>> ja
pelk{st{{n </sc opmvax>ille </sc/ii<imsl/_idf>>. 
 
 
/subsection</ii<IMSL-kirjasto>>
 
</sc/ii<Imsl>> (International Mathematical and Statistical Library) on
matemaattinen ja tilastollinen </sc fortran>-aliohjelmakirjasto. Se on
tiedostossa 
 
</copymode
      //usr//lib//libimsl.a
> 
 
ja sis{lt{{ kirjastot </sc/ii<math//library>> (versio 1.1), </sc
/ii<stat//library>> (versio 1.1) ja </sc/ii<sfun//library>> (versio
2.1). 
 
/iii<blas>
Er{{t </sc imsl>in </sc blas1> -rutiinit, joilla on sama
nimi kuin Crayn </sc scilib>-kirjastossa </tt
//lib//libsci.a> vastaavilla rutiineilla, ovat kirjastona
eri tiedostossa </tt //usr//lib//libimslblas.a>.  </sc
Imsl>-kirjasto sis{lt{{ lis{ksi er{it{ </sc
blas2>-rutiineita, jotka ovat samannimisi{ kuin Crayn </sc
scilib>-kirjastossa </tt //lib//libsci.a>. 
 
</sc Sfun//library> sis{lt{{ my|s matemaattisia
perusfunktioita, jotka ovat samannimisi{ kuin Crayn
matemaattisessa kirjastossa </tt //lib//libm.a>. 
 
</sc Imsl>-kirjastolle on supertietokoneessa lisenssi
l{hdekielisille ohjelmille, joten rutiinien </sc
fortran>-kieliset ohjelmakoodit ovat k{ytt{jien luettavissa
hakemiston </tt //csc//appl//imsl> alihakemistoissa </tt
math>, </tt sfun>, </tt stat> ja </tt blas> (vastaten </sc
math//library>, </sc sfun//library>, </sc stat//library> ja
yll{mainittuja 26 </sc blas1> -rutiinia). 
 
Supertietokoneen </sc imsl>:ss{ on sek{ yksinkertaisen ett{
kaksoistarkkuuden rutiinit.  J{lkimm{isi{ ei useinkaan ole syyt{
k{ytt{{! 
 
 
/subsection<NAG-kirjasto>
 
</sc/ii<Nag>> (Numerical Algorithms Group) on matemaattinen
</sc fortran>-ali/-oh/-jel/-ma/-kir/-jas/-to.  Samoin kuin
</sc imsl>:ss{, my|s </sc nag>:ss{ ovat </sc blas>-rutiinit
omilla nimill{{n. 
 
Supertietokoneelle ei ole kaksoistarkkuuden
</sc nag>-kirjastoa. 
 
Kaikkia </sc nag>-rutiineja kutsuvat p{{ohjelmat,
tarvittavat esimerkkidatat sek{ tulokset ovat </sc opmvax>in
</tt nagexp>-hakemiston lis{ksi my|s supertietokoneessa. 
Jos asetetaan (C-shell -tyylill{)
 
</copymode
      set nagexp= //csc//appl//nagmk13sf//examples
>
                                               
niin ne ovat hakemistoissa
 
</copymode
      /$nagexp//source  /$nagexp//data  /$nagexp//results
>
 
 
/subsection<SCILIB>
 
</sc/ii<Scilib>> on Craylle optimoitu aliohjelmakirjasto
(</sc<unicos>> scientific library).  Se sis{lt{{ aliohjelmia
matriisien k{sittelyyn ja lineaarialgebraan (mm.  tason 1, 2
ja 3 </sc/ii<blas>>-rutiinit, </sc/ii<linpack>>- ja
</sc/ii<eispack>>-kirjastot kokonaisuudessaan), </sc
fft>-rutiineita sek{ etsint{- ja lajittelualgoritmeja.  </sc
Scilib>ist{ saa lis{tietoa komennolla </tt man 3sci intro>
ja my|s komennoilla </tt man 3sci intro1> (lin.alg.), </tt
man 3sci intro2> (</sc<fft>>), </tt man 3sci intro3>
(etsint{) ja </tt man 3sci intro4> (lajittelu).  </sc Scilib>
poikkeaa muista kirjastoista siin{, ett{ sen aliohjelmat
linkataan automaattisesti mukaan ohjelmiin. 
 
 
/subsection<ITPACK ja NSPCG>
 
</sc/ii<Itpack>> on suurten harvojen lineaaristen yht{l|ryhmien
iteratiiviseen ratkaisuun </sl University in Texas at
Austin>issa kehitetty </sc fortran>-aliohjelmapaketti.  Craylle on
asennettu vektoroitu versio </sc/ii<itpackv 2c>>.  Sen
sis{lt{m{t seitsem{n menetelm{{ soveltuvat symmetrisille
positiividefiniittisille tai vain liev{sti ep{symmetrisille
matriiseille.  Ep{symmetrisille matriiseille soveltuu
samassa </sc itpack>-projektissa kehitetty </sc/ii<nspcg>>,
jossa on hyvin laaja iteratiivisten menetelmien valikoima. 
</sc Nspcg>:ss{ on valittavana 19 pohjustus- ja 21
kiihdytysmenetelm{{ sek{ useita talletusmuotoja.  </sc Nspcg> on
tehty vektoroituvaksi. 
 
Kirjastot sijaitsevat hakemistossa </tt //csc//appl//itpack>
nimill{ </tt itpackv2c.a> ja </tt nspcg.a>.  Linkitys
onnistuu esimerkiksi komennolla
 
</copymode
      segldr -l //csc//appl//itpack//itpackv2c.a oma.o
>
tai vastaavasti komennolla
 
</copymode
      segldr -l //csc//appl//itpack//nspcg.a oma.o
>
 
 
/subsection</ii<KAHANER-kirjasto>>
 
</sc Kahaner>-kirjasto on numeeristen menetelmien </sc
fortran>-aliohjelmakirjasto, joka rakentuu
</sc/ii<blas>>-ytimen p{{lle.  Ohjelmat on dokumentoitu
kirjassa Kahaner-Moler-Nash, </sl Numerical Methods and
Sofware>, Prentice Hall 1989. 
 
Kirjasto on tiedostossa 
 
</copymode
      //csc//appl//kahaner//kahanerlib.a
>
 
Linkitys tapahtuu esimerkiksi komennolla
 
</copymode
      segldr prog.o -l //csc//appl//kahaner//kahanerlib.a
>
 
 
/subsection<MINPACK>
 
</sc/ii<Minpack>> on ep{lineaaristen mallien
optimointiohjelmisto.  Se soveltuu mm.  pienimm{n
neli|summan mukaiseen k{yr{nsovitukseen ja ep{lineaaristen
yht{l|ryhmien numeeriseen ratkaisuun.  Craylle on asennettu
yksinkertaisen tarkkuuden versio --- </sc opmvax>issa on
ohjelmistosta kaksoistarkkuuden versio.  Jokaisen ohjelman
</sc fortran>-koodissa on selvitys sen toiminnasta ja kutsusta;
l{hdekieliset ohjelmat sijaitsevat hakemistossa </tt
//csc//appl//minpack//source>.  Lis{ksi hakemiston </tt
//csc//appl//minpack> tiedostossa </tt minpack.list> on
luettelo ohjelmista.  Itse kirjasto sijaitsee tiedostossa
</tt minpack.a>, joten se linkitet{{n komennolla
 
</copymode
      segldr -l //csc//appl//minpack//minpack.a oma.o
>
 
/subsection<SPARSPAK A ja B>
 
</sc/ii<Sparspak>> (Waterloo Sparse Matrix Package) on
Waterloon yliopistossa Ontariossa kehitetty laajojen
harvojen lineaaristen yht{l|ryhmien ratkaisuun soveltuva
aliohjelmakirjasto.  Kirjasto soveltuu parhaiten
symmetrisille positiividefiniittisille matriiseille.  </sc
Sparspak-b> ratkaisee my|s yht{l|ryhmi{, joissa enemm{n
yht{l|it{ kuin tuntemattomia pienimm{n neli|summan
menetelm{ll{.  Kirjastot sijaitsevat hakemistossa </tt
//csc//appl//sparspak>. 
 
Kummankin kirjaston saa linkitetyksi komennolla:
 
</copymode
      segldr -l //csc//appl//sparspak//libsp.a oma.o
>
 
 
/subsection</ii<Kirjastojen linkitys>>
 
Kirjastot </sc/ii<imsl>>, ne </sc imsl>:n tason 1 </sc
/ii<blas>>-rutiinit, joita ei ole sijoitettu </sc imsl>:n
peruskirjastoon, </sc/ii<nag>>, Crayn matemaattinen kirjasto
sek{ </sc/ii<scilib>> ovat sik{li etuoikeutetussa asemassa,
ett{ ne on sijoitettu hakemistoihin </tt //usr//lib> tai
</tt //lib> tiedostoiksi
 
</copymode
      libimsl.a, libimslblas.a, libnag.a, libm.a, libsci.a
>
 
Crayn matemaattinen ja </sc scilib>-kirjasto otetaan linkitykseen mukaan
automaattisesti.
 
 
</sc Nag>- ja </sc imsl>-kirjastojen rutiineja kutsuttaessa
linkityskomennot ovat
 
</copymode
      segldr -l nag oma.o
      segldr -l imsl oma.o
>
 
N{m{ komennot poimivat my|s </sc nag>- tai </sc
imsl>-kirjastoversiot niist{ rutiineista, joista on olemassa
samannimiset rutiinit --- "duplicate entryt" --- eri
kirjastoissa (</sc<scilib>>- ja </sc nag>-, </sc scilib>- ja
</sc imsl>- tai Crayn ma/-te/-ma/-tiikka- ja </sc
imsl>-kirjastoissa), lukuunottamatta tiedostossa </tt
//usr//lib//libimslblas.a> olevia </sc imsl>:n rutiineita,
jotka haetaan </sc scilib>-kirjastosta.  Jos halutaan, ett{
j{lkimm{isetkin ovat </sc imsl>:n rutiineita, annetaan
linkityskomento
 
</copymode
      segldr -l imslblas,imsl oma.o
>
 
Linkitt{j{n optio </tt -l> aiheuttaa sen, ett{ linkitt{j{ etsii
yll{ mainituista, erikoisasemassa olevista hakemistoista </tt
lib>-alkuista, </tt nag.a>-loppuista tiedostoa eli tiedostoa </tt
libnag.a> tai vastaavasti tiedostoja </tt libimsl.a> ja </tt
libimslblas.a>.   
 
Jos haluaa k{ytt{{ </sc scilib>-kirjaston </sc
/ii<blas>>-rutiineja </sc nag>:n </sc blas>- tai </sc imsl>:n
dokumentoimattomien </sc blas2>-rutiinien asemesta, tulee
linkityskomennon olla esim.  muotoa
 
</copymode
      segldr -l sci,nag oma.o 
>
 

 
/subsection<LAMPS>
 
</sc/ii<Lamps>> (Linear and Mathematical Programming System)
on yleisk{ytt|inen lineaarisen ja kokonaislukuohjelmoinnin
ohjelmisto, joka on tarkoitettu ratkaisemaan laajoja (monien
tuhansien rivien) ongelmia.  </sc Lamps> sis{lt{{ laajan
help-systeemin, joka pit{{ sis{ll{{n varsinaisen </sc
lamps>-k{sikirjan.  </sc Lamps> k{ynnistyy komennolla </tt
lamps>. 
 
 
/subsection<Symbolisen laskennan ohjelmisto /ii<Reduce>>
 
Seuraava ote manuaalista kertoo mit{ </sc reduce>lla voi tehd{.
 
</font/tt=cmtt8/beginverbatim
  1) expansion and ordering of polynomials and rational functions,
  2) substitutions and pattern matching in a wide variety of forms,
  3) automatic and user controlled simplification of expressions,
  4) calculations with symbolic matrices,
  5) arbitrary precision integer and real arithmetic,
  6) facilities for defining new functions and extending program syntax,
  7) analytic differentiation and integration,
  8) factorization of polynomials,
  9) Dirac matrix calculations of interest to high energy physicists.
/endverbatim>
 
Interaktiivisia </sc reduce>-ajoja tulisi kuitenkin
supertietokoneella v{ltt{{ ja tehd{ ne edustakoneissa,
esimerkiksi </sc opmvax>issa, joissa </sc reduce> my|s on. 
 
K{ytt|ohjeet, manuaalit ja esimerkit ovat supertietkoneella
hakemiston </tt //csc//appl//reduce//reducedist>
alihakemistoissa </tt doc>, </tt lessons> ja </tt tests>. 


/page

/section<Grafiikan kirjastot ja ohjelmat>
/iii<grafiikka>

</motto<Gutta cavat lapidem, non vi, sed saepe cedendo.>>

/subsection<UNIRAS>

</sc/ii<Uniras>> on monipuolinen rasteri- ja v{rigrafiikan 
</sc fortran77>-ali/-oh/-jel/-ma/-kir/-jas/-to.

Bourne-shellin k{ytt{j{ saa kirjaston k{ytt||ns{ sijoittamalla 
alustustiedostoon </tt .profile> rivin

</copymode
      . //csc//appl//uniras//5v4//uni.profile
>

C-shellin k{ytt{j{ puolestaan sijoittamalla 
alustustiedostoonsa </tt .login> komentorivin

</copymode
      source //csc//appl//uniras//5v4//uni.login 
>


Yksinkertainen </sc uniras>-kirjastoa k{ytt{v{ </sc fortran>-ohjelma
k{{nnet{{n ja linkitet{{n komennolla

</copymode
      unilink ohjelma
>

joka suorittaa komennot

</copymode
      cft77 ohjelma.f
      segldr -o ohjelma ohjelma.o /$UNIDIR//libuni5v4.a
>

miss{ </tt UNIDIR> on tiedostoissa </tt uni.profile> ja </tt uni.login>
m{{ritelty ymp{rist|muuttuja.

Kirjastosta l|ytyv{t seuraavat </sc Uniras>in laiteohjaimet
(</tt<groute>>n select-komennon tunteman nimen mukaan):

</tt POST>
</beginitems 
  /item<-> PostScript laserkirjoittimet
  /item<-> tulostus tiedostoon </tt POST>
/enditems>

</tt T41XX>
</beginitems 
  /item<-> Tektronix 4100-sarjan p{{tteet
  /item<-> tulostus tiedostoon </tt T41XX>
/enditems>

</tt T40XX>
</beginitems 
  /item<-> Tektronix 4010-sarjan p{{tteet
  /item<-> tulostus tiedostoon </tt T40XX>
/enditems>

</tt HPGL>
</beginitems 
  /item<-> Tektronix 4010-sarjan p{{tteet
  /item<-> tulostus tiedostoon </tt HPGL>
/enditems>

</tt NEWS>
</beginitems 
   /item<-> NeWS-ikkunointij{rjestelm{
   /item<-> tulostus tiedostoon </tt POST>
/enditems>

</tt GVCE3236>
</beginitems 
   /item<-> Versatec v{ripintapiirturi
   /item<-> tulostus tiedostoon </tt VERC>; t{m{ tiedosto on tarkoitettu
     siirrett{v{ksi laitteelle, jossa piirturi on kiinni ja tulostettavaksi
     siell{ erillisell{ ohjelmalla. 

/enditems>

Tulostuspaikan voi vaihtaa itse m{{rittelem{ll{ oletustiedostonnimen
mukaisen ymp{rist|muuttujan. Esimerkiksi Tektronix-koodin saa 
suoraan p{{tteelleen m{{rittelem{ll{

</copymode
      T41XX=//dev//tty; export T41XX     </rm(Bourne shell)>
      setenv T41XX //dev//tty            </rm(c-shell)>
>

Lis{ksi tulostus voidaan l{hett{{ </tt stdout>-tiedostoon.
T{m{ mahdollistaa tulostuksen putkittamisen
jollekin toiselle ohjelmalle. Esimerkiksi NeWS-ikkunointij{rjestelm{n
ohjaimen tulostus voidaan putkittaa ohjelmalle </tt psh>, joka puolestaan
l{hett{{ sen ty|asemalle.

Esimerkiksi:

</copymode
      source //csc//appl//setup//NeWS.csh
      setenv NEWSSERVER `setnewshost mars`

      source //csc//appl//uniras//5v4//uni.login
      setenv POST stdout
      uniohjelma /char'174 psh
>


/subsection</ii<Disspla>>

</sc Ca-disspla> on kaksi- ja kolmiulotteisen grafiikan
peruspakkaus, jossa on mukana tason 1b-mukainen
</sc/ii<gks>>-toteutus. </sc Disspla>ssa on noin 400
k{yyt{j{lle n{kyv{{ rutiinia, ja useita eri tasoja,
mm. perusgrafiikka, business-grafiikka ja
dynamiikka. Crayll{ oleva </sc disspla> on t{ll{
hetkell{ versio 10.3, mutta kev{{n -90 aikana
se p{ivittyy versioksi 11.0. 

</sc Disspla>n tiedostot ovat
hakemistossa </tt //csc//appl//disspla10>.

Ohjelmiston saa k{ytt||ns{ antamalla 
Bourne-shelliss{ komennon

</copymode
      . //csc//appl//disspla10//disspla.sh
>

tai C-shelliss{

</copymode
      source //csc//appl//disspla10//disspla.csh
>

Linkitys tapahtuu helpoiten sanomalla

</copymode
      dislink objektit
>

tai 

</copymode
      gkslink objektit
>

K{ytett{v{ </sc gks> on siis t{ll|in </sc disspla-gks>.
N{m{ tallettavat suoritettavan ohjelman tiedostoon </tt a.out>.

Eri laiteohjainten k{yt|st{ on ohjeita hakemistossa
</tt //csc//appl//disspla10//doc>. 

</sc Disspla>lla tuotetettujen
tiedostojen siirto edustakoneille on mahdollista
t{ll{ hetkell{ vain laitekoodi-tiedostona,
version 11.0 tullessa my|s vaikkapa
</sc gks>-metatiedostoina tai </sc disspop>-metatiedostoina.

Alla on ohjelma, joka k{ytt{{ </ii<PostScript>>-laiteohjainta ja
ohjaa grafiikan tulostuksen tiedostoon </tt std00001>:

</beginverbatim

      integer ibuf(16)

      call iomgr(ibuf,-1)
      ibuf(1) = 5
      call iomgr(ibuf,-102)

      call pscrpt(7.99,10.78,0.0139)
c        direct output to printer plot
      call dma001
c        select demo subroutine
      call donepl

      stop
      end

/endverbatim>


/subsection<MOVIE.BYU>
 
</sc/ii<Movie.byu>> (1987 Edition) on yleisk{ytt|inen
grafiikkaohjelmisto.  </sc Movie>-systeemi koostuu
</sc fortran77>-ohjelmista, joiden avulla esitet{{n ja
k{sitell{{n matemaattisia, topologisia ja arkkitehtonisia
malleja, joiden geometria voidaan kuvata
monikulmioelementeill{ tai {{riviivam{{ritelmill{. 
Monikulmioelementit saadaan usein elementti- tai
differenssianalyysist{. 
 
</sc Movie>-systeemi{ t{rkein k{ytt|kohde on elementti- tai
differenssimenetelm{ll{ saadun datan j{lkik{sittely,
visualisointi.  Sit{ voidaan k{ytt{{ my|s elementti- tai
differenssidatan esik{sittelyss{ mallien luomiseen ja
tarkistukseen.  Kummassakin tapauksessa k{ytt{j{ll{ tulee
olla ohjelmia, joiden avulla data voidaan muuntaa </sc
movie>-formaatista analyysiohjelmiston vaatimaan muotoon tai
p{invastoin.  </sc Movie>-ohjelmistolla voidaan tehd{
animaatioita ja elokuvia. 


Ja sitten k{yt{nt||n:
Crayll{ k{yt|n aloitus tapahtuu komentamalla

</copymode
      . //csc//appl//movie/_byu//init.sh
>

tai

</copymode
      source //csc//appl//movie/_byu//init.csh
>

T{ll|in saa k{ytt||ns{ seuraavat komennot:

</tt convert>

suorittaa mm. tiedostokonversion vanhasta versiosta uuteen yms.,

</tt display/_cgpr>

varsinainen n{ytt|ohjelma eli </sc cgpr>-laiteohjain,

</tt disply/_tk29>

Tektronix 4129 -laiteohjain,

</tt mosaic/_cgpr>

korkeusk{yrien generointiohjelma,

</tt mosaic/_tk29>

mosaic-osan Tektronix 4129 -laiteohjain,

</tt cgplay>

</sc Cgpr>-tiedoston tulostusohjelma.

Jos k{ytt{{ </sc cgpr>-versioita (tai </tt cgplay>t{), niin ohjelmat
kyselev{t mihin tulostetaan. Kyselyyn voi vastata joko tiedoston nimell{ tai
avaamalla /ii<t|pseli>n:

</copymode
      socket:</sl<internet-osoite>>
      socket:</sl<nimi>>
>

Ennenkuin sockettia voi k{ytt{{, pit{{ toisessa p{{ss{ eli
ty|asemalla antaa komento

</copymode
      cgserver /gt/& </sl lokifile> /&
>

Kun lopetat tulostuksen, pit{{ t{m{ aliprosessi sulkea.

My|s muita tapoja tulostella </sc movie.byu>n kuvia
on olemassa. Esimerkiksi postscript-tiedostoon
ne saa seuraavasti:

</sc Finsun>illa, </sc mars>illa, </sc pluto>lla,
</sc lily>ll{ tai </sc crocus>sella
k{ynnist{ ohjelma </tt cgserver/_ps> komennolla 

</copymode
      cgserver/_ps /gt/& </sl lokifile> /&
>

ja anna Crayll{ tai </sc finsun>illa </sc movie.byu>lle 
cgprdestination-m{{ritteeksi

</copymode
      socket:internet-numero
>

Syntyv{n tiedoston nimi on muotoa 
</tt ps></sl kirjain- ja numeroyhdistelm{>.
Suneilla se menee </tt //tmp>-hakemistoon, 
iriksill{ nykyhakemistoon.



/subsection</ii<NCAR Graphics>>

</sc/ii<Ncar>> on National Center for Atmospheric Researchiss{
kehitetty, erityisesti tieteellisiin esityksiin tarkoitettu
grafiikkapakkaus. Se on k{ytt{j{n ohjelmasta kutsuttavien
</sc fortran77>-aliohjelmien kirjasto, joka on erityisesti
meteorologien suosiossa ymp{ri maailmaa.
</sc Ncar> sis{lt{{ my|s tason 0a </sc gks>-toteutuksen.

</sc Ncar>illa saa tulostettua pintoja, korkeusk{yri{,
kontuurikuvia, vektorikentti{, maailmankarttoja
kymmenell{ eri projektiolla, harmaas{vykuvia,
tekstej{ eri fonteilla ja paljon, paljon muuta.

Utilities-osa on  pakkauksen k{ytt|liittym{
ja pit{{ sis{ll{{n </sc fortran>-ohjelmat yll{mainitun
grafiikan tuottamiseen. Utilities-paketin alapuolella  
ovat </sc spps> ja </sc gks>. </sc Spps> on </sc gks>-pohjainen
simulaattori vanhoja </tt ncar plot> -kutsuja varten.
</sc Gks>-osa puolestaan ohjaa  tulostuksen
</sc cgm>-tiedostoon (Computer Graphics Metafile).
</sc Ncar>ista l|ytyy pakkaus nimelt{{n Metafile
Translator, joka muuntaa </sc cgm>-koodin halutulle
tulostuslaitteelle sopivaksi.
</sc Ncar>illa voi tulostaa v{rillisi{ kuvia;
v{rien m{{ritt{miseen se k{ytt{{ </sc rgb>-arvoja.

</sc Ncar> on </sc opmvax>issa, Crayll{ ja </sc finsun>issa,
versiona 2.0. Uusi kehuttu versio 3.0 on
juuri julkistettu, ja se pit{{ sis{ll{{n
muun hyv{n muassa X11-liittym{n.


Crayll{ </sc ncar>in alkuun p{{see hakemistosta

</copymode
      //csc//appl//ncarg
>

Sielt{ l|ytyv{t alustustiedostojen esimerkit:
</tt setup.csh> C-shellin k{ytt{jille ja
</tt setup.sh> Bourne-shellin k{ytt{jille (oletus Crayss{).

Esimerkkej{ l|ytyy hakemistosta

</copymode
      //csc//appl//ncarg//demo
>

Esimerkiksi komennolla 

</copymode
      ctrans </sl file>.cgi 
>

miss{ </sl file> on jokin valmiista </sc cgi>-tiedostoista,
voi kyseisest{ hakemistosta katsella valmiita esimerkkikuvia.

</sc Finsun>illa hakemistorakenne on samanlainen.

 
/page

/section</ii<Kemian ohjelmistot>>


/subsection<AMPAC ja MOPAC>
 
</sc/ii<Ampac>> ja </sc/ii<mopac>> on yleisk{ytt|inen semiempiirinen
molekyyliorbitaaliohjelmisto.  Se sis{lt{{ </sc mndo>-, </sc
mindo//3>- ja </sc am1>-hamiltonit.
Crayll{ oleva </sc/ii<mopac 4.0>> on </sc ampac>-ohjelmiston
kehittyneempi versio.
 
Molekyylien, radikaalien, ionien ja polymeerieen
v{r{htelyspektrien, termodynaamisten suureiden,
isotooppisubstituutioefektien ja voimavakioiden laskenta on
yhdistetty samaan ohjelmistopakettiin. 
 
Laskennan elektronisen osan puitteissa ominaisvektorit ja
lokalisoituneet orbitaalit, kemiallisten sidosten indeksit,
varaukset, molekyyliorbitaalit jne.  ovat laskettavissa. 

Esimerkkej{ sy|tt|tiedostoista ja niist{ syntyneist{
tulostuksista l|ytyy </sc opmvax>ista ja hakemistosta </tt
//csc//appl//ampac//examples> supertietokoneelta. 
 
 
/subsection</ii<CHARMm>>
 
</sc Charm>m (Polygen, Crayll{ versio 2.1) on yleisk{ytt|inen ohjelmisto
molekyylisysteemien rakenteen ja k{ytt{ytymisen mallittamiseen.
 
Erilaisia systeemej{, yksitt{isist{ orgaanisista
molekyyleist{ suuriin oligomeerisiin proteiineihin niiden
liuosymp{rist|ss{, voidaan simuloida.  Rakennetut
molekyylimallit voidaan esitt{{ graafisesti TLP:n
/ii<Iris>-ty|asemille asennetulla Polygenin
molekyyligrafiikkaohjelmistolla </sc/ii<quanta>>, kun
tarpeelliset </sc charm>min tulostustiedostot on siirretty
Craylt{ Irikselle.  Iris-ty|asemilla on my|s </sc charm>m,
jota n{ill{ asemilla k{ytet{{n mukavimmin </sc quanta>n
tarjoaman k{ytt|liittym{n avulla. 
 
</sc Charm>m k{ytt{{ empiirisi{ energiafunktioita energian
minimoimisessa (molekyylimekaniikka), molekyylidynaamisissa
simulaatioissa ja v{r{htelyanalyysiss{.  N{iden
p{{toimintojen avulla </sc charm>m:lla voidaan laskea monenlaisia
molekyylien ominaisuuksia yksinkertaisista
peptidikonformaatioista proteiinien suurten osarakenteiden
dynaamisiin saranaliikkeisiin.  </sc charm>m:lla voidaan lis{ksi
k{sitell{ esimerkiksi sellaisia molekyylien v{lisi{ ongelmia
kuin entsyymi--substraatti- tai
reseptori--ligandi-sitoutumisvuorovaikutuksia, jotka ovat
rakenne--aktiivisuus-suhteiden taustalla.  N{iden laskujen
tuloksia voidaan tulkita </sc charm>m:n analyysiv{lineill{. 
 
 
/subsection<DISCOVER>
 
</sc/ii<Discover>> (Biosym, Crayll{ versio 2.41) on
molekyylimallitus- ja molekyylisimulointiohjelmisto.  Se
laskee molekyylisysteemien miminienergiakonformaatioita,
dynaamisia liikeratoja, v{r{htelytaajuuksia ja monia muita
fysikaalisia ominaisuuksia.  </sc Discover> sis{lt{{
v{lineet, jotka ovat hy|dyllisi{ esimerkiksi ennustettaessa
l{{kemolekyylien aktiivisia konformaatioita sek{
seulottaessa ja arvioitaessa mahdollisia analogeja.  
</sc Discover>ia k{ytet{{n my|s proteiinien ja peptidien
tutkimiseen.  </sc Discover> mahdollistaa
proteiini--substraatti-vuorovaikutusten ja molekyylien
rakenteellisen liikkuvuuden tutkimisen, analogian
perusteella muodostettujen proteiinirakenteiden parantelun
sek{ paikkaselektiivisen mutageenisuuden rakenteellisten
vaikutusten tutkimisen.  </sc Discover>ia on k{ytetty my|s
synteettisten polymeerien tutkimiseen. 
 
Rakennetut molekyylimallit voidaan esitt{{ graafisesti TLP:n
Iris-ty|asemille asennetulla Biosymin molekyyligrafiikan
ohjelmistolla </sc/ii<insight>>, kun tarpeelliset </sc
discover>in tulostustiedostot on siirretty Craylt{
Irikselle.  Iris-ty|asemilla on my|s </sc discover>, jota
n{ill{ asemilla k{ytet{{n mukavimmin </sc insight>in
tarjoaman k{ytt|liittym{n avulla. 
 
</sc Discover>in, tai mink{ tahansa muun energiaan
perustuvan simulointisysteemin kuten </sc charm>m:n,
laskentaytimen{ on molekyylisysteemin annetun konformaation
potentiaalienergian laskeminen.  T{m{ energia ja sen toinen
derivaatta antaa tarpeellisen informaation minimointiin
(molekyylimekaniikkaan), dynamiikkaan, v{r{htelyanalyysiin
ja muihin ohjelman tarjoamiin laskentateht{viin. 
 
 
/subsection<GAMESS>
 
</sc/ii<Gamess>> (General Atomic and Molecular Electronic
Structure System) on tehokas </sl ab initio>
-ohjelmapaketti.  Se on synteesi useista ohjelmista, joihin
on tehty huomattavia muutoksia.  Suuri osa ohjelmasta on
per{isin </sc hondo>sta.  Lis{ksi siin{ on osia mm.  </sc
gaussian76>-, </sc gaussian80>-, Komornickin </sc gradscf>-,
</sc gvbone>-, Davidsonin </sc rohf>- ja Streitweiserin Boysin
lokalisaatiota k{ytt{v{st{ </sc qcpe>-ohjelmistosta. 
 
</sc Gamess>ia k{ytt{en on mahdollista suorittaa kvanttikemiallisia laskuja
varsin monilla alueilla. 



/subsection<Gaussian 88>

</sc/ii<Gaussian 88>> on yhdistelm{ohjelmisto, joka suorittaa 
semiempiirisi{ ja ab initio -molekyyliorbitaalilaskuja 
(Gaussian Inc., M.J. Frisch, J.A. Pople). Sen avulla voidaan 

</parindent10pt

/item<->
 laskea yksi- ja kaksi-elektroni-integraaleja,

/item<->
 tehd{ SCF-laskuja RHF-, UHF-, ROHF- ja GVB-PP-menetelmill{,

/item<->
  arvioida Hartree-Fock-, MP2- ja CI- energioiden ja aaltofunktion
  yksi/-elekt/-roni-ominaisuuksia mukaanlukien Mullikenin
  populaatioanalyysi, multipolimomentit ja elektrostaattiset kent{t,

/item<->
  suorittaa semiempiirist{ laskentaa k{ytt{en CNDO-, INDO-, /hbox<MINDO//3-,>
  MNDO- ja AM1-hamiltoneja (sis{lt{{ liev{sti modifioidun </sc mopac>in 
  version 4.0 alijoukon),

/item<->
  suorittaa automaattinen geometrian optimointi joko minimiin tai
  satulapisteeseen sek{ numeerinen differentiointi, jonka tuloksena
  saadaan voimavakiot, polarisibiliteetit, dipoliderivaatat ja reaktiopolku,

/item<->
  laskea korrelaatioenergioita 2., 3. ja 4.  kertaluvun 
  Moller-Plesset-perturbaatioteorialla,

/item<->
  laskea korrelaatioenergioita k{ytt{en konfiguraatiovuorovaikutusta (CI),
  jossa k{ytet{{n joko kaikkia kaksoiseksisaatioita (CID) tai kaikkia
  yksinkertaisia tai kaksoiseksitaatioita (CISD),

/item<->
  laskea korrelaatioenergioita k{ytt{en "coupled cluster"-teoriaa
  kaksoissubstituutiolla (CCD) tai kvadraattista konfiguraatiota k{ytt{en
  yksinkertaista tai kaksoissubstituutiota (QCISD),

/item<->
  laskea analyyttisesti RHF-, UHF-, ROHF-, GVB-PP, MP2, RCID- ja
  RCISD-energioiden ydinkoordinaattigradientti (nuclear coordinate
  gradient)

/item<->
  laskea voimavakioita (nuclear coordinate second derivatives),
  polarisibiliteettej{ ja dipoliderivaattoja analyyttisesti RHF- ja
  UHF-energioille sek{ numeerisesti RHF-, UHF-, MP2-, CID- ja
  CISD-energioille,

/item<->
  suorittaa harmonista v{r{htelyanalyysi{

/item<->
  laskea vibraatiosiirtymien intensiteettej{ HF-, MP2 ja CI-tasoilla,

/item<->
  testata SCF aaltofunktioiden stabiilisuutta reunaehtoja helpottamalla

>

 
/subsection<MMP2(85)>
 
</sc/ii<Mmp2>>(85) on Allingerin molekyylimekaniikkaohjelma
(versio 1985). 
 
Molekyylimekaniikka m{{ritell{{n empiiriseksi
laskennalliseksi menetelm{ksi, joka ennustaa enemm{n tai
v{hemm{n tarkasti molekyylien rakenteita ja energioita.  Sen
avulla suurtenkin molekyylisysteemien nopea
konformaatioanalyysi on mahdollista, mutta niiden avulla ei
voida laskea molekyylien elektronisia ominaisuuksia. 
 
Molekyylimekaniikka- tai voimakentt{laskut (</tt force
field>) perustuvat yksinkertaisiin klassisen mekaniikan
malleihin molekyylin rakenteesta.  Molekyylej{ k{sitell{{n
atomijoukkoina, joita hallitsevat klassisen mekaniikan
potentiaalifunktiot.  Kyseess{ ovat nimenomaan mallit. 
Molekyylimekaanisten laskujen empiirisill{ energia- ja
muilla parametreill{ on hyvin v{h{n fysikaalista merkityst{. 
 
K{ytt|ohjeiden kopioita on saatavissa TLP:sta.
 

/page
 
/section</ii<Tekniikan ohjelmistot>>
 
/subsection<ABAQUS>
      
</sc/ii<Abaqus>> on elementtimenetelm{{ (FEM) k{ytt{v{
rakenneanalyysiohjelmisto lineaarisille ja ep{lineaarille
rakenteille.  Supertietokoneelle asennettuun
</sc abaqus>-ohjelmiston versioon 4-8-04 on hankittu perusmodulin
</sc abaqus> lis{ksi seuraava lis{moduli:
 
</copymode
   AQUA   </rm offshore rakenteiden mallitus,>
>
 
sek{ apuohjelmat:
 
</copymode
   BINASC </rm bin{{ritiedostojen konvertointi tekstitiedostoiksi>
   ADD    </rm Abaqus Device Driver piirto-ohjelma>
           (</sc<opmvax>>, </sc finsun>).
>
 
</sc/ii<Aqua>> on integroitu osa </sc abaqus>ta ja se hankittiin
supertietokoneelle kokeeksi puolen vuoden ajaksi, jonka
j{lkeen k{yt|n m{{r{st{ ja modulin toimivuudesta riippuen
p{{tet{{n, jatketaanko </sc aqua>-sopimusta. 
      
</sc/ii<Binasc>> on apuohjelma, jolla </sc abaqus>-ohjelman tiedostot
saadaan pakatussa muodossa edustakoneelle.  Edustakoneella
on sitten (aluksi vain </sc opmvax>illa) ohjelma nimelt{ </sc/ii<ascbin>>,
jolla tiedostot konvertoidaan takaisin bin{{rimuotoon. 
Konvertointi s{ilytt{{ noin 7,5 numeron tarkkuuden
reaaliluvuille. 

</sc/ii<Add>>-ohjelmalla voidaan piirt{{ piirtotiedostoja </tt ppl> ja
</tt mpl> esimerkiksi rasterip{{tteille.  Ohjelma on
asennettu </sc opmvax>ille ja </sc finsun>ille.
      
</sc Abaqus>-ajo koostuu kahdesta p{{osasta: etuajosta (</sc
abaquspre>) ja varsinaisesta analyysiosasta (</sc<abaqus>>). 
Etuajo lukee k{ytt{j{n l{ht|tiedoston ja tarkistaa sen
oikeellisuuden.  Se my|s suorittaa tarvittaessa
nauhanleveyden (tarkemmin: aaltorintaman, wavefront)
optimoinnin.  Lopuksi etuajo kirjoittaa </sc
abaqus-fortran>-ohjelman, jossa se ilmoittaa miten isoiksi
erilaiset </tt common>-alueet voivat tulla ja mit{
aliohjelmia </bf ei> oteta </sc abaqus>-kirjastosta mukaan.  Sitten
</sc fortran>-ohjelma k{{nnet{{n ja linkitet{{n </sc abaqus>-kirjaston
kanssa ja saadaan jokaista ajoa kohden oma
</sc abaqus>-analyysiosa. 

 
/subsection<ADAMS>
      
</sc/ii<Adams>> (Automatic Dynamic Analysis of Mechanical Systems) on
yksi maailman johtavista mekaanisten j{rjestelmien
analysointity|kaluista.  Ohjelma pystyy analysoimaan kaksi-
ja kolmedimensionaalisia mekaanisia j{rjestelmi{ ja
mahdollistaa joustavien ja ep{lineaaristen komponenttien
mallintamisen. 
 
Supertietokoneelle on hankittu perusmodulin </sc adams>
version 5.2 lis{ksi rengasmoduli </sc/ii<tire>>, jonka
avulla voidaan mallittaa renkaan mekaanisia ominaisuuksia. 
<sc Opmvax>ille on hankittu </sc adams>in graafinen
j{lkik{sittelij{. 
 

 
/subsection<ADINA ja ADINA-T>
 
</sc/ii<Adina>> (Automatic Dynamic Incremental Nonlinear Analysis) on yksi
tunnetuimmista ep{lineaarisista FEM-rakenneanalyysikoodeista.
                              
Supertietokoneeseen asennettuun </sc adina>-ohjelmiston
versioon 5.0 on hankittu perusmodulin </sc adina> lis{ksi
seuraavat lis{modulit:
 
</copymode
   ADINA-T         </rm l{mm|nsiirtymisanalyysiohjelma>
   ADINA-IN        </rm </sc<ADINA//ADINA-T>>:n esik{sittelij{>
   ADINA-PLOT      </rm </sc<ADINA//ADINA-T>>:n j{lkik{sittelij{>
>
 
Kutakin ajetaan omana ohjelmanaan.  Toistaiseksi </sc
adina-in> ei ole viel{ k{yt|ss{.  </sc Adina-plot>ia ei
n{ill{ n{kymin edes asenneta Craylle. 
 
</sc Adina> soveltuu lineaaristen ja ep{lineaaristen,
staattisten ja dynaamisten rakenteiden analyysiin.  </sc
Adina>ssa on oma elementtikirjasto ja joukko
materiaalimalleja, joiden avulla analysoitava rakenne
kuvataan.  Rakennetta voidaan analysoida my|s ajasta
riippuvalla kuormituksella sek{ my|s reunaehtoja k{ytt{en. 
 
</sc Adina> on ns.  </tt out-of-core solver> eli elementtien
lukum{{r{ analyysiss{ voi olla hyvin suuri.  </sc Adina>ssa
on my|s k{tev{t uudelleenaloitus- ja
alirakennetekniikkamahdollisuudet. 
 
</sc/ii<Adina-t>> on elementtimenetelm{{n perustuva
l{mp|analyysi- ja kentt{probleemojen ratkaisuohjelmisto. 

/subsection<FIDAP>
 
</sc/ii<Fidap>> on yksi yleisimmin k{ytetyist{, laajasti
sovellettavista, kaupallisista virtausmekaniikan
ohjelmistoista.  Ohjelmisto perustuu elementtimenetelm{{n,
joten sill{ pystyy kuvaamaan joustavasti monimutkaisiakin
geometrioita. 
 
Ohjelmistolla on omat erilliset esi- ja j{lkik{sittelij{ns{. 
Geometrian luonti sek{ l{hes kaikkien reunaehtojen asetus
voidaan kuitenkin suorittaa my|s </sc supertab>- ja </sc
patran>-ohjelmistoilla. 
 
</sc Fidap> kykenee laskemaan ei-reaktiivisia,
kokoonpuristumattomia (nopeus $ /lt 0.3$ Mach),
transientteja kolmidimensionaalisia yksifaasivirtauksia,
jotka voivat olla ei-isotermisi{ ja kitkallisia.  Ohjelmalla
voidaan my|s tarkastella laminaareja ei-newtonilaisia
virtauksia, kytketty{ l{mm|nsiirtoa, kaksidimensionaalisia
vapaan pinnan ongelmia sek{ mm.  nesteen j{hmettymist{. 
Ohjelman sovellusalueet ulottuvat aina aerodynaamisista
analyyseist{ metallivalu- ja p{{llystysprosessien
tarkasteluun. 
 
 
/subsection<FLUENT ja FLUENT//BFC>
 
</sc/ii<Fluent>> ja </sc/ii<fluent//bfc>> ovat yleisi{
virtausmekaniikan ohjelmistoja, jotka perustuvat
differenssimenetelm{{n.  Menetelm{ss{ virtausalue on jaetaan
{{relliseen m{{r{{n laskentakoppeja (kontrollitilavuuksia),
joiden v{lill{ virtausta hallitsevat diskretoidut
differentiaaliyht{l|t ratkaistaan k{ytt{en apuna limitetty{
hilaa.  </sc Fluent>issa voi k{ytt{{ suorakulmaista tai
sylinterikoordinaatistoa.  </sc Fluent//bfc>:ss{ (BFC= Body Fitted
Coordinates) k{yr{viivaisen kordinaatiston k{ytt| on
mahdollinen.  T{ll|in laskentaverkko voidaan viritt{{
my|t{ilem{{n tarkasti kappaletta. 
 
</sc Fluent> pystyy kuvaamaan 2- ja 3-dimensionaalisia
laminaareja tai turbulentteja kokoonpuristumattomia
transientteja virtauksia.  Ohjelmalla voidaan kuvata
reaktiivisia virtauksia.  Samoin s{teily voidaan huomioida. 
Toiseksi faasiksi voidaan valita erilaisia joko inerttej{,
haihtuvia tai palavia partikkeleita tai pisaroita.  Ohjelma
laskee mm.  n{iden lentoradat, l{mm|nluovutuksen ja
haihtuvien reaktiokomponettien pitoisuudet. 
 
</sc/ii<Fluent//bfc>> on hieman riisutumpi versio </sc
fluent>ista, mutta sill{ on ominaisuuksia joita </sc fluent>illa
ei ole.  Ohjelmalla ei voi laskea reaktiivisia eik{
ei-newtonilaisia virtauksia.  Samoin s{teily{ ei voida
huomioida.  K{yr{viivaisen koordinaatiston ansiosta
ohjelmalla voidaan kuvata geometrioita tarkemmin ja
virtausta voidaan my|s simuloida t{ysin kokoonpuristuvana
alisoonisella alueella. 
                                                              
</sc Fluent>in ja </sc fluent//bfc>:nn tyypillisi{
sovellusalueita ovat polttoprosessien ja palamisen
tarkastelu, aerodynaamiset analyysit, partikkelivirtaukset,
kalkkikivi-injektio tulipesiin, erilaiset luokittimet,
j{{hdytys- ja l{mp|k{sittelyprosessit, kemialliset
sekoittimet sek{ turbokoneet. 
 
/subsection<NEKTON>
 
</sc/ii<Nekton>> perustuu spektraali-elementtimenetelm{{n. 
Menetelm{ on korkean kertaluvun elementtimenetelm{, jolla
tietyiss{ virtaustyypeiss{ p{{st{{n hyvin tarkaan
ratkaisuun.  Tarkkuus suhteutettuna solmupisteiden
lukum{{r{{n on muihin menetelmiin verrattuna suurin. 
 
</sc Nekton> kykenee kuvaamaan 3-dimensionaalisia
kokoonpuristumattomia yksifaasivirtauksia verrattain
alhaisilla Reynoldsin-luvuilla.  Ohjelma soveltuu parhaiten
laminaarien ja transitioalueella olevien virtausten tarkkaan
ratkaisuun.  Vapaan konvektion tarkasteluissa ratkaisut
hallitaan alhaisilla ja keskim{{r{isill{ Prantdlin-luvuilla
sek{ keskim{{r{isill{ ja korkeilla Rayleighin-luvuilla. 
Ohjelma kykenee my|s kuvaamaan kytketty{ l{mm|nsiirtoa. 
 
</sc Nekton>in tyypillisia sovellusaloja ovat virtausten ja
l{mm|nsiirron tarkastelu erilaisissa l{mm|nsiirtimiss{,
huonetilavirtauksien ja mm.  elekroniikkakomponenttien
j{{hdytyksen tarkastelut. 
 
/subsection<PHOENICS>
 
</sc/ii<Phoenics>> (Parabolic, Hyperbolic Or Elliptic
Numerical Integration Code Series) on ehk{ tunnetuin
virtausmekaniikan alan yleisohjelmisto maailmassa.  Se on
ensimm{isi{ suuria kaupallisia differenssimentelm{{n
perustuvia koodeja.  Ominaisuuksiltaan se on samanlainen
kuin </sc fluent> ja </sc fluent//bfc> yhteens{, mutta viel{
muokattavampi ja monipuolisempi. 
 
</sc Phoenics>ill{ voidaan simuloida, nimens{ mukaisesti,
kaikentyyppisi{ virtauksia, joissa virtauskent{n lis{ksi
lasketaan l{mm|n- ja massansiirtymist{, kemiallisia
reaktioita, monifaasivirtausta, s{teilyn intensiteetti{ jne. 
Kaikissa tapauksissa simulointi perustuu massan, momentin ja
erimuotoisen energian s{lymislakien approksimointiin
differenssimenetelm{ll{ limitetyll{ hilalla.  K{yr{viivaisen
koordinaatiston k{ytt| on my|s ohjelmalla mahdollista. 
 
Teht{v{salueita, joihin </sc phoenics>i{ on sovellettu, ovat
mm.  ulkopuoliset virtaukset laivan ymp{rill{, sis{puoliset
virtaukset moottoreissa, hy|t|reaktoreissa ja tavaratalon
sis{tiloissa tulipalon sattuessa, virtaus ja l{mm|nsiirto
moottoreissa ja kaasusulatoissa, veden ja h|yryn
sekoittuminen ja tiivistyminen ilmastointij{rjestelmiss{ ja
virtaukset kattiloissa ja palotiloissa. 
                                                             
 
/subsection<MSC//MAGNUM>
 
</sc/ii<Msc//magnum>> on kolmiulotteisen s{hk|magnetiikan
laskuihin tarkoitettu elementtimenetelm{{n perustuva
ohjelma.  Se k{sittelee kahdeksaa eri malliluokkaa:
                                                                
</leftskip 2cm/parskip 0pt
/item<$/bullet$> Magnetostaattiset ongelmat
/item<$/bullet$> Magnetodynaamiset ongelmat
/item<$/bullet$> Transienttianalyysi
/item<$/bullet$> Virran kuljetus
/item<$/bullet$> Elektrostaattiset ongelmat
/item<$/bullet$> Elektrodynaamiset ongelmat
/item<$/bullet$> Elektromagneettiset ongelmat
/item<$/bullet$> L{mm|nkuljetus

>
 
Reunaehdot annetaan vektoripotentiaalin avulla tai
pistej{nnittein{.  Ehdoissa voi sitoa useita pisteit{
toisiinsa. 

T{ll{ hetkell{ ohjelmistoa ajetaan </sc opmvax>ista, josta
l{hetet{{n er{ty| Craylle.  Ohjelman tulos- ja
sy|tt|tiedostoja voi k{sitell{ my|s ohjelmistoilla </sc
ideas//supertab> tai </sc patran>. 

Ohjelman malleja koskevat manuaalit ovat samat kuin </sc opmvax>issa
k{yt|ss{ olevan VAX-version.  Manuaaleja voi lainata TLP:sta.

/subsection<MSC//EMAS>

Vuoden 1990 alkupuolella Crayhin on tulossa
</sc/ii<msc//emas>> FEM-ohjelma, joka ratkaisee Maxwellin
yht{l|t elementtimenetelm{ll{.  </sc emas>in mallissa voi
olla 2- ja 3-dimensionaalisia elementtej{ sek{
piirikomponentteja (vastuksia, kondensaattoreita, vastuksia,
virta- ja j{nnitel{hteit{). 

 
/subsection<MSC//NASTRAN>
 
</sc/ii<Msc//nastran>> (Crayll{ versio 65C) on yksi
johtavista FEM-pohjaisista rakenneanalyysikoodeista.  Se on
laaja ja monipuolinen, yleens{ vaativiin lineaarisiin
statiikka- ja dynamiikkateht{viin tarkoitettu ohjelma. 
T{m{n lis{ksi ohjelmalla voidaan ratkaista my|s varsin
monimutkaisia ep{lineaarisia teht{vi{ sek{
l{mm|nsiirtymisteht{vi{. 
 
Ohjelman soveltuu my|s vaativiin matriisilaskennallisiin
teht{viin, koska </sc msc//nastran>issa on tehokkaat ns. 
</tt in-core> ja </tt out-of-core> -ratkaisijat. 
 
Crayhin asennettuun </sc msc//nastran>-ohjelmaan on hankittu perusmodulin
lis{ksi seuraavat lis{modulit: 
 
</copymode
      MESH            - rivipohjainen verkongeneroija
      SUPERELEMENTS   - alirakennetekniikka
      AEROELASTICITY  - aeroelastiikkamoduli
      MSC//TRANS       - tietokantojen (DBxx) ASCII-koodaaja
>
 
Viimeist{ lukuunottamatta kaikki lis{modulit ovat </sc msc//nastran>iin
melkein huomaamattomasti sis{{nrakennettuja.

</sc Opmvaxille> on asennettu </sc msc//nastran>in oma
esi- ja j{lkik{sittelyohjelma </sc msc//xl>, joka tukee
tehokkaasti analyysiohjelman piirteit{. </sc Msc//xl>:n
k{ytt| tekee periaatteessa tarpeettomaksi l{ht|datan editoinnin
ennen analyysia. 
 
J{lkik{sittelyohjelmiin </sc<supertab>> ja </sc<patran>> on liitynn{t
supertietokoneella (</sc<nasstab>> ja </sc<naspat>>).
 

 
/subsection<PERMAS>
 
</sc/ii<Permas>> (Crayll{ versio 3.03) on </sc aska>-ohjelman
kaupallinen versio hyvin suuriin rakenneanalyysin
sovelluksiin.  Rakenneanalyysi voi olla </sc fortran>-ohjelmien
kokoelma, jotka kutsuvat
</sc permas>-kir/-jas/-to/-ru/-tii/-ne/-ja.  </sc Permas>issa on uusi ja
tehokas </tt HyperMatrixFrontalSolver>. 
 
</sc Permas>ia voidaan k{ytt{{ samantapaisiin teht{viin kuin esimerkiksi
</sc msc///-nastran>ia.
 
/page

/section<Muut ohjelmistot>

/subsection<ACSL>
 
</sc/ii<Acsl>> (Advanced Continuous Simulation Language) on 
jatkuvien eli ajasta riippuvilla ep{lineaarisilla
differentiaaliyht{l|ill{ tai siirtofunktioilla mallitettujen systeemien
ja ilmi|iden simulointiin (eli k{ytt{ytymisen tutkimiseen) tarkoitettu
korkean tason kieli.
 
</sc Acsl>:n mallinkuvauskieli on eritt{in monipuolinen ja
voimakas differentiaaliyht{l|iden ja erilaisten signaalien
kuvaamiseen erikoistunut </sc fortran>in laajennus.  Malliin
on mahdollista sis{llytt{{ omia </sc fortran>-aliohjelmia
sek{ kutsua ulkoisia (valmiiksi k{{nnettyj{) aliohjelmia
vaikkapa </sc nag>-aliohjelmakirjastosta.  Lineaariset
mallit voidaan esitt{{ matriisiyht{l|in{ ja//tai
siirtofunktioina. 
 
 
/subsection<SPICE2 ja HSPICE>

</sc/ii<Spice2>> on Berkeleyn yliopistossa Californiassa
kehitetty elektronisten piirien simulointiohjelma.  </sc
Spice>n sy|tt|tiedosto on er{{nlainen standardi, jota suuri
osa piirisimulointiohjelmista k{ytt{{.  </sc Spice> sis{lt{{
tavallisimmat aktiiviset ja passiiviset komponentit. 
Ohjelma laskee AC-, DC- tai transienttianalyysin.  Crayssa
oleva versio on </sc spice 2g.2.5>.  Ohjelmaa kannattaa k{ytt{{
</sc jobgen>-ohjelmalla, jolla voidaan generoida valmiiksi
tehty sy|tt|tiedosto er{ty|ksi Craylle (ks. /ref<23.12>).
 
</sc/ii<Hspice>> on Metasoftwaren Spiceista edelleenkehitett{m{
elektronisten piirien simulointiohjelma.  </sc Hspice> on
huomattavasti tehokkaampi kuin perinteiset </sc spice2> ja
</sc spice3>-ohjelmat.  Ohjelman analysoimat piirit voivat
sis{lt{{ transistoreita (MOSFET, BJT ym.), diodeja,
vastuksia, siirtojohtoja, kondensaattoreita, keloja ja
muuntajia.  L{hteet ovat paloittain lineaarisia, pulssi-,
sini- tai eksponenttimuotoisia.  Lineaariset ja
ep{lineaariset virta- ja j{nnitel{hteet voivat olla joko
j{nnite tai virtaohjattuja.  Analyysimuotoja ovat
transientti-, DC-toimintapiste-, DC-sweep-, AC-piensignaali-
ja l{mp|tila-analyysi.  Ohjelmistoon kuuluu lis{ksi 
grafiinen tulostusohjelma </sc hsplot>.  Ohjelmaa voi ajaa 
</sc jobgen>-ohjelmalla.
 
              
/section<JOBGEN - Crayn er{ajotiedoston generointiohjelma>

</sc/ii<Jobgen>> on ohjelma Crayn edustakoneilla, jolla voidaan
luoda er{ajotiedostoja valmisohjelmistojen ajamiseksi. 
Ohjelma on t{t{ kirjoitettaessa kahdessa edustakoneessa:
</sc opmvax>illa ja </sc finsun>illa.  T{ll{ hetkell{ </sc
jobgen>i{ ei ole viel{ asennettu Craylle.  </sc Jobgen>,
versio 2.5, tukee mm.  seuraavien ohjelmien ajovirran
luontia:

</beginverbatim
    +===== P R O G R A M   S E L E C T I O N   M E N U =====+
    !                                                       !
    !  Structural Analysis & Heat Transfer:                 !
    !  ------------------------------------                 !
    !   1..abaqus            5..nastran (msc's)             !
    !   2..adina             6..permas (* not yet in use *) !
    !   3..adinain                                          !
    !   4..adinat                                           !
    !                                                       !
    !  Mechanical System Simulations:                       !
    !  ------------------------------                       !
    !   7..adams                                            !
    !                                                       !
    !  Fluid Dynamics:                                      !
    !  ---------------                                      !
    !   8..fidap                                            !
    !   9..fluent                                           !
    !                                                       !
    +=======================================================+

/endverbatim>


</sc Jobgen> on kyselev{ ohjelma, joka k{ytt{j{n antamien
vastauksien perusteella luo Cray-ajoa varten </sc unicos>in
scriptin eli komentotiedoston.  T{ss{ tiedostossa on alussa
tarvittavat k{ytt{j{tunnustiedot sek{ </tt QSUB>-komennot,
joilla kontrolloidaan mm.  er{ajon resursseja. 
Luonnollisesti my|s valmisohjelman k{ynnistyskomento
mahdollisine lukuisine sy|tt|parametreineen generoidaan </sc
jobgen>ill{ t{ysin automaattisesti komentotiedostoon. 
Lis{ksi ohjelma tekee komentotiedostoon tarvittavat
tiedostonsiirto- ja palautusk{skyt, riippuen hieman siit{,
mit{ reitti{ pitkin k{ytt{j{ aikoo l{ht|- (ja tulostus-)
tiedostonsa Craylle(/-lt{) siirt{{.  Valittavana on Cray
Station Software (</sc finsun>illa Cray Link Software), joka
on ehdottomasti joustavin linkki, jos se on k{ytett{viss{,
</tt ftp> ja </tt telnet> sek{ suora ty|n generointi ja
l{hetys Crayll{ </tt qsub>in avulla. 

</sc Jobgen> toimii kaikille analyysiohjelmille (jotka siin{ on) samalla
periaatteella:

/beginitems

/item<-> valitaan analyysiohjelma /hfill/break
/item<-> kysell{{n er{ajotiedot (ty|n nimi, ajoaika , er{jono jne.)/hfill/break
/item<-> kysell{{n analyysiohjelmakohtaiset tiedot /hfill/break
/item<-> kysell{{n mahdolliset j{lkik{sittelykohtaiset tiedot /hfill/break
/item<-> n{ytet{{n er{ajotiedosto ja mahdollistetaan sen editointi /hfill/break
/item<-> l{hetet{{n er{ty| Craylle ajoon /hfill/break

/enditems

</sc Jobgen> ohjelma tuottaa aina kaksi tiedostoa: 
</tt</sl<ty|nimi>>.job> ja </tt</sl<ty|nimi>>.info>.
Edellinen on er{ajotiedosto ja j{lkimm{inen informaatiotiedosto, josta k{y
ilmi ty|kohtaiset tiedot sek{ analyysiohjelman yleisimmin k{ytt{m{t tiedostot
ja niiden kohtalo ajon j{lkeen.

Seuraavassa esimerkki </sc jobgen>in tuottamasta ajovirrasta
(</tt bigcase.job>) </sc msc//nastran>-ohjelmaa varten.  Lopussa
ajetaan </sc patran>-liitynt{ (</sc<naspat>>):

</beginverbatim
# user=sbs     
# QSUB -r  bigcase
# QSUB -lT 2500
# QSUB -lm 2000Kw  
# QSUB -q  night
# QSUB -eo 
# QSUB -s /bin/sh
# QSUB
#--------------------------------------------------------------
# UNICOS shell script generated by JOBGEN at  7/06/89  10:33:38
#--------------------------------------------------------------
set +x
newacct -l
qstat -f $QSUB_REQID
mkdir -p /tmp/sbsdir
cd       /tmp/sbsdir
echo "*** Execution directory is: /tmp/sbsdir ***"
fetch bigcase.dat -t'bigcase.dat'
#
#--- MSC/NASTRAN V65C ---
#
echo "nastran bigcase mem=0 rfa=rf24d81"
nastran bigcase mem=0 rfa=rf24d81
dispose bigcase.log -t'WORK$DISK:[SBS]bigcase.log' &
dispose bigcase.f04 -t'WORK$DISK:[SBS]bigcase.f04' &
dispose bigcase.f06 -t'WORK$DISK:[SBS]bigcase.f06' &
 cat > naspat_cmd.scr << 'END-OF-FILE'
 
set,ascii,on
set,confil,on
set,autocr,on
1
1
bigcase.ut11
y
 
 
y
7
END-OF-FILE
#
naspat < naspat_cmd.scr
RES="` ls naspat.con.* | tail -1 `"
echo "NASPAT-result file: $RES"
dispose $RES -t'WORK$DISK:[SBS]'naspat.con &
pwd;ls -l

/endverbatim>


</sc Jobgen>-ohjelman saa k{ytt||ns{ </sc opmvax>illa komennolla:

</copymode
      setup jobgen
>

Ja antamalla komento (toimii </sc opmvax>illa ja </sc finsun>illa):

</copymode
      jobgen /opt</sl<analyysiohjelma>>
>

Jos analyysiohjelman j{tt{{ pois, saa aluksi valikon, josta voi valita
tarvittavan analyysiohjelman.

